In Amagami il protagonista Junichi Tachibana, uno studente liceale del secondo anno in cerca di una ragazza, tenta disperatamente di riuscire a far colpo su Haruka Morishima e su altre ragazze che stanno ormai per diplomarsi. Quest’anno è la sua ultima chance per portare a termine l’impresa tuttavia, essendo nel periodo natalizio, non si sente per niente a suo agio dato che proprio a Natale in passato aveva vissuto un’esperienza alquanto traumatizzante che lo ha segnato profondamente. Seguendo la tradizione degli harem, ognuna delle protagoniste avrà un segmento di storia interamente dedicato, ricalcando così la struttura del videogioco originale; in aggiunta anche la sigla finale sarà ‘personalizzata’ e verrà cantata di volta in volta da una ragazza diversa. Alla vigilia di Natale, l'appuntamento romantico di uno studente del secondo anno, Junichi Tachibana, va in fumo, quando la ragazza che aspettava non si presenta all'incontro. L'episodio segnerà drammaticamente il ragazzo che inizierà ad odiare il Natale ed a disinteressarsi all'amore. Tuttavia alcune compagne di scuola potrebbero riuscire a fargli cambiare idea. La storia dell'anime si divide in sei archi narrativi, non in relazione tra loro, ognuno dedicato ad una delle sei protagoniste dell'anime (Haruka Morishima, Kaoru Tanamachi, Sae Nakata, Ai Nanasaki, Rihoko Sakurai e Tsukasa Ayatsuji). Ogni arco racconta una versione alternativa della storia di Junichi, in cui il ragazzo finisce per innamorarsi di una fra le sei ragazze. Gli unici episodi che mixano il contenuto delle 6 storie sono gli ultimi 2.