Nel 1972, una studentessa molto popolare di nome Misaki muore accidentalmente durante l'anno scolastico. La classe a cui apparteneva, la sezione 3 della Yomiyama Nord, rimane sconvolta dalla perdita e decide di continuare l'anno scolastico come se la studentessa non fosse mai morta, arrivando a tenere un banco libero per lei e a riservarle il posto il giorno del diploma. Nella primavera del 1998 un ragazzo di 15 anni, Koichi Sakakibara, arriva da Tokyo a Yomiyama per stare con i nonni mentre suo padre lavora in India. Si trasferisce nella sezione 3 ma perde le prime settimane a causa di uno pneumotorace. Mentre è in ospedale riceve la visita dei suoi compagni di classe e incontra una misteriosa ragazza, indossante anche lei l'uniforme della scuola, chiamata Mei Misaki, che va a visitare l'ospedale. Una volta dimesso, il ragazzo comincia la scuola e sua zia, insegnante alla Yomiyama Nord, gli dà alcune dritte, ma rimane evasiva riguardo al comportamento dei suoi coetanei verso Mei, che trattano come se non esistesse. Koichi è sempre più confuso dall'aria di mistero di quella classe e chiede più volte informazioni a Misaki e ai suoi compagni, che però non gli rispondono.