Il mondo è costituito da due dimensioni parallele e speculari l'una all'altra, separate ma al contempo strettamente interconnesse, quella di Assiah (il mondo umano) e quella di Gehenna; la seconda dà rifugio ai demoni guidati da Satana, padrone del regno infero. La storia ruota attorno a Rin, un adolescente scapestrato ma dotato di grande forza e coraggio: non ha mai conosciuto la madre, morta di parto, e cresce assieme al fratello gemello Yukio allevato amorevolmente dal padre adottivo esorcista Shiro. Il ragazzo ad un certo momento verrà però a scoprire ch'egli in realtà è il figlio di Satana e che Yukio è da sempre in grado di percepire la presenza dei demoni. Assistendo alla morte di Shiro per mano dei demoni, Rin fa ciò che il padre adottivo gli chiese di non fare mai, estrarre cioè dal fodero la spada "ammazza-demoni" Kurikara, una katana che contiene sigillati tutti i suoi poteri soprannaturali. Da quel momento in poi, Rin non solo ottiene caratteristiche demoniache permanenti come zanne, orecchie appuntite e coda, ma anche il potere di bruciare tra fiamme blu che possono distruggere tutto ciò che tocca. Poco dopo la partenza di Yukio per l'Accademia della Vera Croce, anche Rin vi si iscrive, con l'intenzione di divenir un fortissimo esorcista in grado di sconfiggere Satana e vendicar in tal modo la morte dell'amato genitore adottivo. Qui incontrerà molte persone con cui si dovrà via via confrontare, sia amici che nemici: soprattutto dovrà cercar di capire quali siano le autentiche intenzioni e sentimenti del preside Mephisto, di certi insegnanti, dei suoi compagni e anche dello stesso Yukio nei suoi confronti.