È l'anno 2020. Le reti di computer sono diventate una componente insostituibile per gli stili di vita degli esseri umani. Tuttavia, ciò che gli umani non sanno è che dall'altra parte della rete esiste un mondo infinito, il mondo digitale e i Digimon che lo abitano.
Si verificano malfunzionamenti della rete su larga scala nell'area della capitale Nipponica. I lampioni lampeggiano in modo irregolare, le pubblicità sui grandi schermi sono piene di testi confusi. I notiziari lo chiamano cyber terrorismo.
Il personaggio principale è Taichi Yagami di quinta elementare, che vive in un grattacielo nella periferia di Tokyo. È rimasto a casa da solo per prepararsi al campo estivo che ci sarà il fine settimana, ma sua madre e la sorella minore Hikari sono uscite a Shibuya e sono intrappolate in un treno in movimento che non riesce a frenare. Taichi si affretta a Shibuya per salvare sua madre e sua sorella, ma nel momento in cui si dirige verso il binario della stazione ferroviaria, succede qualcosa di strano e Taichi si ritrova nel mondo digitale.
I bambini incontrano i loro partner Digimon e affrontano una nuova "avventura" sconosciuta.