Gon Freecss, nella foresta attorno a casa sua, incontra un giovane hunter di nome Kite, dal quale rimane molto colpito. Egli racconta a Gon che è in viaggio per completare la prova finale del suo addestramento da Hunter che consiste nel trovare e raggiungere il suo maestro. Il ragazzo spiega a Gon che il suo maestro è il più grande Hunter del mondo e, da numerosi indizi nel racconto, egli capisce che quel maestro è, in realtà, il suo sconosciuto padre, del quale non ha mai avuto notizie, anche perché sua zia Mito gliele ha sempre negate. Il giovane, prima di partire, regala a Gon una licenza di hunter, che si scoprirà essere appartenuta a suo padre. Scoperta finalmente una traccia verso il padre, Gon decide, contro il parere della zia Mito, di partecipare all'esame annuale per diventare anch'egli un Hunter nella speranza di ritrovarlo. Nel corso dell'esame Gon conosce dei giovani aspiranti Hunter come lui, che diventeranno i suoi migliori amici: Leorio, desideroso di guadagnare soldi per poter svolgere la sua professione di medico chirurgo, Kurapika, che sta svolgendo l'esame per poter vendicare lo sterminio del suo clan, e Killua, un ragazzino di 12 anni che risulterà essere figlio della famiglia di assassini Zoldyck e che diventerà il migliore amico di Gon. Nel giro di un anno tutti e quattro tranne di Killua riescono a ottenere la licenza da hunter e si allenano per sviluppare il nen, un'abilità propria di ciascun individuo che amplifica le capacità combattive. Le loro avventure li portano a scontrarsi con la Brigata Fantasma a York Shin City, con i giocatori di Greed island e con le formichimere nella Repubblica del Golt Orientale. Quando Gon giunge infine ad incontrare il padre Ging, scopre che questi è diretto nel mondo esterno, un continente che si sviluppa fuori dal mondo civilizzato.