La storia della serie è incentrata su Arata Miyako, un nuovo dipendente del governo assegnato al dipartimento delle “Relazioni Regionali Notturne” dell’ufficio comunale di Shinjuku. Tutte e 23 le circoscrizioni di Tokyo hanno un dipartimento del genere, che sono stati costituiti per risolvere eventi paranormali e legati all’occulto. Arata può comprendere il linguaggio non umano che nessun altro può capire e incontra al parco Shinjuku Gyoen uno yokai che dice di chiamarsi Abe no Seimei – il nome di uno storico occultista e divinatore giapponese.