Una porta su una dimensione sconosciuta si apre improvvisamente a Mikado City e dalla quale provengono misteriosi alieni battezzati Neighbor che iniziano a distruggere tutto ciò che l'umanità ha costruito sulla Terra mandandola nel panico. Un gruppo di uomini crea un'agenzia di difesa chiamata Border incaricata di difendere gli umani dall'attacco di questi mostri creando una nuova tecnologia, il Trigger, basata sulle tecnologie utilizzate dai loro avversari. Dopo 4 anni dall'apertura del primo portale la città riesce a vivere più o meno tranquillamente. Yūma Kuga, un nuovo studente in una scuola locale, si ritrova nel mezzo di un'invasione dei Neighbor che scelgono la scuola come bersaglio. Osamu Mikumo, membro dei Border e studente della scuola, utilizza il proprio Trigger per combattere i Neighbor senza successo quando inaspettatamente Yūma attiva il proprio Trigger ed abbatte l'invasore nonostante non sia un membro dei Border. Dopo lo scontro Yūma rivelerà ad Osamu di non essere un abitante di quella dimensione ma di essere in realtà un Neighbor giunto in Giappone per cercare un amico di suo padre.