La nuova serie anime, che celebra il ventennale del franchise animato, vede per la prima volta come protagonista un ragazzo delle scuole elementari. La serie anime vanta una nuova modalità di “Rush Duel” e gli eventi si svolgono nel futuro all’interno della città di Goha. Yuga Odo, un ragazzo che frequenta la quinta elementare, ama duellare ed investigare. Il suo compagno di classe Luke, invece, è un sedicente duellista d’alta classe facente parte della scuola elementare Goha 7. Gakuto è il presidente del consiglio d’istituto della scuola e Romin è compagno di classe di Yuga Od.
La serie si svolgerà in futuro nella città di Gōha e i protagonisti saranno Yūga Ōdō, uno studente di quinta elementare che ama sia le invenzioni che i duelli e il suo compagno di classe Luke, duellante numero uno alla scuola elementare di Gōha 7, Gakuto, presidente del consiglio studentesco della scuola e Romin,il compagno di classe di Yūga. Essi si sfideranno in duelli dove vigerà una nuova regola denominata "Rush Duel".